Нарадзілася 10 лістапада 1884 года ў Варшаве. Яе бацька Вацлаў Налкоўскі быў адным з самых выдатных і знакамітых польскіх географаў. Маці Ганна Налкоўская, акрамя выхавання дзвюх дачок, таксама пісала падручнікі па геаграфіі.

У 1901 годзе Зоф’я скончыла Варшаўскую прыватную гімназію. Дэбютавала як паэтэса вершам “Я памятаю” (1898), як празаік – навэлай “Арліца” (1903).

У 1905 годзе Налкоўская бярэ ўдзел у з’ездзе, прысвечаным 40-годдзю творчасці Элізы Ажэшкі.

Першыя раманы “Жанчыны” (1906), “Князь” (1907), “Нарцыза” (1910) напісаны Налкоўскай у стылявой манеры, уласцівай літаратуры “Маладой Польшчы”. У зборніку апавяданняў “Таямніцы крыві” (1917), рамане “Граф Эміль” (1920) праявілася маральнае асуджэнне Першай сусветнай вайны.

У 1922-1927 гадах Налкоўская жыла ў Гродне. Была куратарам патранату (апекі) вязняў гродзенскай турмы, дапамагала зняволеным. Налкоўская была сябрам камітэту, які займаўся ўшанаваннем памяці Элізы Ажэшкі. Яна казала прамову падчас адкрыцця помніка пісьменніцы каля тэатра ў гарадскім парку. У некаторай ступені З. Налкоўская была прадаўжальніцай справы Элізы Ажэшкі ў Гродне.

Нягледзячы на тое, што Налкоўская лічыла Гродна глыбокай правінцыяй, яна захаплялася яго прыродай. Гродзенская тэматыка ляжыць у аснове яе раманаў “Нядобрае каханне” (1928), “Мяжа” (1935), “Вузлы жыцця” (1948), драмы “Дзень яго вяртання” (1931), эсэ “У шалашы” (1924), “Гродна” (1926), “Нёман” (1934).

Праблеме адбудавання Польшчы прысвечаны літаратурны твор Налкоўскай “Раман Тэрэзы Генерт” (1923); вострыя сацыяльныя і палітычныя праблемы, псіхалогія чалавека адлюстраваны ў яе раманах “Галкі” (1927), “Нецярплівыя” (1938), а таксама ў яе драме “Дом жанчын” (1930). Зоф’я Налкоўская з’яўляецца аўтарам зборнікаў псіхалагічных мініяцюр “Характары” (1922), навел пра лагеры смерці “Медальёны” (1946), літаратурна-крытычных і публіцыстычных твораў, дзённікаў. На беларускую мову асобныя яе апавяданні пераклаў Янка Брыль.

У 1989 годзе на доме па вуліцы Акадэмічнай у Гродне была ўсталявана памятная шыльда ў гонар Зоф’і Налкоўскай з барэльефным партрэтам пісьменніцы. Шматлікія фотаздымкі, побытавыя прадметы, рукапісы знаходзяцца ў яе музеі, які размясціўся ў корпусе філалагічнага факультэта Гродзенскага дзяржаўнага ўніверсітэта імя Янкі Купалы.